Rất lâu trước khi người Mỹ biết về những cuộc trốn chạy tình dục của các tổng thống thế kỷ 20 của họ — Warren Harding, John Kennedy và Bill Clinton là những kẻ phạm tội chính — đã có câu chuyện về Thomas Jefferson và Sally Hemings. Cho đến gần đây, khi các kỹ thuật mới được phát triển trong nghiên cứu di truyền tạo ra bằng chứng khoa học về những nhân vật đã chết từ lâu cho các nhà sử học, thì tuyên bố rằng Jefferson và nô lệ mulatto của anh ta là bạn tình vẫn không thể được chứng minh hoặc bác bỏ. Một nhà sử học đã mô tả câu chuyện là "bộ truyện ngắn dài nhất trong lịch sử Hoa Kỳ." Vào tháng 1 năm 2000, Tổ chức Tưởng niệm Thomas Jefferson đã chấp nhận kết luận, được hỗ trợ bởi bằng chứng DNA, rằng Jefferson và Hemings có ít nhất một và có thể là sáu con lai giữa năm 1790 và 1808, mặc dù kết luận này đã bị các cá nhân và nhóm khác tranh cãi gay gắt và gay gắt.
Câu chuyện bắt nguồn từ năm 1802, khi một nhà báo có thông tin đáng tin cậy, James Callender, xuất bản lời buộc tội ban đầu trên The Richmond Recorder. Động cơ của Callender hầu như không trong sáng. Jefferson đã thuê anh ta để bôi nhọ John Adams trong chiến dịch tranh cử tổng thống năm 1800, và Callender sau đó đã từ chối Jefferson khi khoản thanh toán cho các dịch vụ của anh ta không bao gồm một cuộc hẹn chính trị. Những tin đồn về hành vi gian dối ở Monticello đã rộ lên ở Virginia trong vài năm. Chúng dựa trên thực tế rằng một nô lệ gia đình hấp dẫn tên là Sally Hemings có một số người con rõ ràng là cha của một người đàn ông da trắng và một số có những đặc điểm giống với Jefferson. Cả Callender và các biên tập viên của Liên bang, những người nhanh chóng chọn câu chuyện đều không quan tâm chủ yếu đến việc nó có đúng không. Họ quan tâm đến việc sử dụng vụ bê bối như một vũ khí để gây thương tích cho Jefferson, người có tầm vóc chính trị gần đạt đến đỉnh cao.
Xét về hậu quả chính trị thực tế, các cáo buộc tỏ ra không hiệu quả. Jefferson đã tái đắc cử sau một trận lở đất vào năm 1804, và đảng do ông thành lập đã thống trị nền chính trị quốc gia gần như không được ủng hộ trong nhiều thập kỷ. Nhưng trong suốt thế kỷ 19, câu chuyện “Tom và Sally”, như người ta đã biết đến sau đó, vẫn tồn tại như một mẩu truyện ngụ ngôn hấp dẫn khiến người ta nghi ngờ về danh tiếng của Jefferson trong sử sách.
Hai bằng chứng mới xuất hiện vào thế kỷ 19, nhưng chúng mâu thuẫn với nhau. Năm 1873, Madison Hemings, đứa con kế của Sally (sinh năm 1805), đã trả lời phỏng vấn đảng Cộng hòa của Quận Pike (Ohio), trong đó ông tuyên bố rằng Jefferson là cha của mình và trên thực tế, là cha của cả 5 người của Sally hoặc sáu đứa trẻ. Tuyên bố này đã được Israel Jefferson, một cựu nô lệ khác từ Monticello và là bạn lâu năm của Madison Hemings xác minh. Năm sau, James Parton xuất bản Cuộc đời của Thomas Jefferson và báo cáo một câu chuyện đã được lưu truyền trong gia đình Jefferson và Randolph trong nhiều năm — cụ thể là, cháu trai của Jefferson, Peter Carr, khi đối mặt với Martha Jefferson, đã thừa nhận rằng ông là cha của tất cả hoặc hầu hết các con của Sally.
Có những vấn đề tồn tại trong gần một thế kỷ. Mảnh chứng cứ hoàn cảnh cuối cùng xuất hiện vào năm 1968 với việc xuất bản White Over Black: American Attitude Toward the Negro của Winthrop Jordan , 1550–1812. Jordan nhận thấy rằng Sally Hemings đã mang thai chỉ khi Jefferson có mặt tại Monticello, một tiết lộ quan trọng vì anh ấy đã vắng mặt hoàn toàn 2/3 thời gian. Tác phẩm của Jordan cũng tạo ra một làn sóng học bổng mới, tập trung sự chú ý vào thân phận chủ nô có nhiều vấn đề của Jefferson, người nuôi dưỡng quan điểm tiêu cực về người Mỹ gốc Phi và niềm tin mạnh mẽ về sự bất khả thi của bất kỳ xã hội Mỹ hai chủng tộc nào. Đánh giá gay gắt hơn về nhân vật và di sản của Jefferson đã làm sáng tỏ hai luồng ánh sáng khác nhau về câu chuyện của một người có quan hệ tình dục với Sally Hemings. Mặt khác, nó làm giảm đi cái nhìn hoàn toàn tôn kính của Jefferson, do đó làm cho lời buộc tội trở nên hợp lý hơn. Mặt khác, nó phơi bày những giá trị phân biệt chủng tộc mà Jefferson đã chia sẻ với các chủ đồn điền Virginia khác,từ đó tạo ra một loại nghi ngờ mới rằng anh ta sẽ tham gia vào một mối quan hệ tình dục lâu dài với một phụ nữ da đen. Trong hai thập kỷ tiếp theo, ý kiến của các học giả về vấn đề này đã bị chia cắt, mặc dù phần lớn các nhà sử học và tiểu sử tin rằng bằng chứng này vẫn không thuyết phục và không thuyết phục.
Vào tháng 11 năm 1998 đã có bằng chứng khoa học mới đầy ấn tượng. Một số học giả trong nhiều năm đã ủng hộ việc phân tích DNA của hài cốt Jefferson và so sánh kết quả với hậu duệ của Sally Hemings. Nhưng những hậu duệ da trắng của gia đình Jefferson đã chống lại ý nghĩ đào bới tổ tiên của họ như một gợi ý ma quái. Và khả năng có được một mẫu vật liệu di truyền đầy đủ sau nhiều năm dường như rất xa vời. Tuy nhiên, các kỹ thuật mới để khớp các phần của nhiễm sắc thể Y của nam giới đã giúp thực hiện phép so sánh mà không thực sự lấy mẫu từ Jefferson.
Bởi vì nhiễm sắc thể Y được truyền nguyên vẹn cho phía nam giới, các kết quả đáng tin cậy về mặt thống kê có thể thu được từ bất kỳ hậu duệ nam nào trong gia đình Jefferson. Tiến sĩ Eugene Foster, một nhà nghiên cứu bệnh học đã nghỉ hưu tại Đại học Virginia, đã thu thập các mẫu DNA từ hậu duệ còn sống của người chú ruột của Jefferson, Field Jefferson, cũng như từ hậu duệ của các con trai cả và út của Sally. Kết quả cho thấy sự trùng khớp hoàn hảo giữa các phần cụ thể của nhiễm sắc thể Y của Jefferson và nhiễm sắc thể Y của Eston Hemings (sinh năm 1808). Cơ hội trùng khớp như vậy xảy ra trong một mẫu ngẫu nhiên là ít hơn một phần nghìn. Nghiên cứu của Foster cũng bao gồm việc so sánh dòng Hemings với các hậu duệ của dòng họ Carr, không có kết quả phù hợp nào,do đó làm suy yếu lời giải thích mà hậu duệ da trắng của Jefferson đưa ra rằng Carr đã làm cha các con của Sally.
Để chắc chắn, bằng chứng DNA xác lập xác suất hơn là chắc chắn. Một số họ hàng nam của Jefferson có cùng nhiễm sắc thể Y, khiến họ có đủ điều kiện về mặt di truyền như những người cha, mặc dù không ai trong số họ có mặt tại Monticello 9 tháng trước mỗi lần sinh của Sally, như Jefferson. Tuy nhiên, những người nhiệt tình tranh cãi quan hệ cha con của Jefferson có thể lập luận một cách chính xác rằng đó không phải là vấn đề khoa học chắc chắn. Việc quan hệ cha con của Jefferson có được chứng minh ngoài một sự nghi ngờ hợp lý hay không phụ thuộc rất nhiều vào người thành lập bồi thẩm đoàn.
Điều đó để lại chúng ta ở đâu? Có lẽ cách tốt nhất để nói rằng gánh nặng chứng minh đã thay đổi khá lớn. Các học giả đồng thuận mới là Jefferson và Hemings là bạn tình. Mối quan hệ liên lạc kéo dài bao lâu thì không rõ ràng, mặc dù gánh nặng bằng chứng giờ đây thuộc về những người muốn bác bỏ tuyên bố của Madison Hemings rằng mối quan hệ đã lâu đời. Đặc điểm của mối quan hệ thậm chí còn là một vấn đề phỏng đoán. Cho dù đó là sự đồng thuận hay ép buộc, vấn đề tình yêu hay cưỡng hiếp, hoặc có lẽ là một sự sắp xếp chung mang lại cho Jefferson sự thỏa mãn về thể chất và Hemings có địa vị đặc quyền và lời hứa về tự do cho các con cô, là một vấn đề tranh luận sôi nổi. Cuộc tranh luận đó có thể sẽ kéo dài trong một thời gian,một phần vì bằng chứng lịch sử hầu như không tồn tại và một phần vì câu hỏi về nhân vật của Jefferson đã trở thành chiến tích trong các cuộc chiến tranh văn hóa. Những người ngưỡng mộ anh ấy sẽ có khuynh hướng giải thích mối quan hệ với Sally Hemings là một mối tình, với Jefferson và Hemings được chọn vào vai cặp vợ chồng hai chủng tộc ưu việt nhất nước Mỹ, hoặc họ sẽ đặt câu hỏi về độ tin cậy của bằng chứng DNA, nhấn mạnh rằng nó không thể kết luận về mặt khoa học hoặc nó bay thẳng vào mặt nhân vật của Jefferson, ít nhất là theo cách họ cảm nhận. Các nhà phê bình của ông sẽ coi mối quan hệ này là biểu tượng cho hành vi săn mồi của các chủ nô da trắng và bằng chứng rõ ràng về thói đạo đức giả thâm hiểm của Jefferson, sau đó mở rộng ra để phục vụ như một minh họa bằng hình ảnh cho tính cách đơn thuần trong các tuyên bố hùng hồn của ông về quyền tự do và bình đẳng của con người.
